माइक्रोटोम (microtome) एक वैज्ञानिक उपकरण है, जिसका उपयोग किसी वस्तु के बहुत छोटे छोटे टुकड़े करने में किया जाता है ताकि उन टुकड़ों का सूक्ष्म अध्ययन किया जा सके।
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